החקירה נגד תומר נפתחה בעקבות מידע שהתקבל בדבר פגיעה חמורה בביטחון המדינה. מהחקירה שהתנהלה בנושא עלו חשדות כי תומר ז"ל, ששירת ביחידה טכנולוגית באמ"ן, ביצע באופן מודע מספר פעולות שפגעו קשות בביטחון המדינה. תומר שיתף פעולה בחקירתו והודה ברבים מהמעשים שיוחסו לו.
החקירה ב2021 העלתה כי תומר פעל באופן עצמאי, ממניעים אישיים ולא ממניעים אידאולוגיים, לאומניים או כלכליים. הוא לא הופעל על ידי גורם זר או עמד בקשר עם גורמים עוינים. לצד זאת, החקירה העלתה גם כי היה מודע לפוטנציאל הנזק לביטחון המדינה כתוצאה ממעשיו, ואף ניסה להסתירם. (ניצן שפירא)
